Первый форт Кронштадтской крепости на острове Котлин был построен за зиму 1703-1704 гг. и освящен 7 мая 1704 г. Этот день и стал датой основания города Кронштадта (в переводе с нем. Коронный город). А уже в 1728 году была построена первая морская Богоявленская церковь, просуществовавшая почти 100 лет. Строение было выполнено из дерева, поэтому после того, как его полностью разобрали в 1848 г., было задумано построить каменный собор, проект которого был разработан в 1849 г. Но из-за отсутствия финансов в Адмиралтействе был отложен на неопределенное время.
На новый храм собирали деньги всем городом, но самый весомый вклад в общую копилку строительства внесли моряки. И только в 1903 году на якорной площади был заложен фундамент каменного храма памяти погибших моряков по новому проекту В.А. Косякова, одобренному самим Николаем II.
Храму пришлось пережить много трудных времен, особенно после Октябрьской революции, когда он перестал быть действующим и перешел в собственность городского совета. В нем был организован кинотеатр и Морской клуб, сооружен концертный зал на 1200 мест со сценой. На даже камень подвержен действию времени – храм начал нуждаться в реставрации и ремонте.
В 2003 году по гранту президента была подготовлена вся проектная документация по полной реставрации и реконструкции собора. Тогда же храм был передан Санкт-Петербургской епархии.
После полного окончания реконструкции в 2013 г. на заседании синода Русской православной церкви Никольский собор под названием Кронштадтский морской собор был признан главным храмом Военно-морского флота России. В этом же году с 7 июля храм был открыт для посещений с 11.00 до 18.00, исключая понедельник и вторник.
В архитектурном плане собор является немного уменьшенной копией храма святой Софии в Константинополе, славящегося своей красотой. Выполненный в неовизантийском стиле Морской храм имеет и элементы готической западноевропейской архитектуры. Сочетание стилей придало Кронштадтскому собору особую неповторимость.
Поражают своей красотой росписи, мозаики и витражи фасадов и интерьера. Причем не только восстановлены существующие до этого росписи внутри храма, но и по эскизам художника М.М.Васильева расписаны «пустые» места, которые остались после открытия храма в 1913 г.
В храме славы и героизма русских моряков установлены отреставрированные мемориальные доски с именами прославившихся моряков, погибших за Отечество.